中国食品发酵工业研究院创建于1955年2月，是我国规模最大、历史最久的从事食品、生物工程研究与开发的科研机构。 2003年4月被北京市科委认定为北京市科技研发机构。现有职工约240余人，其中教授 级高工24人，博士28人，专职从事研究开发的科技人员180余人。
研究院的主营业务包括：食品工程、生物工程技术研制开发及技术咨询、服务、转让；生物工程技术科研和生产所需的原辅材料、机械设备、仪器仪表、化工 材料、食品包装材料、食品机械设备及配件、食品质量及卫生检测设备的销售；质量检测；工程咨询；菌种鉴定与评价；人员技术培训；市场信息服务；进出口业务 等。
研究院设有食品工程研究发展部、发酵工程研究部、酿酒工程技术研究发展部、标准和信息技术研究发展部、食品安全研发部、功能肽产业化研发部和国际合作与培训部；下属企业—北京食发科贸有限公司、北京东光兴业科技发展有限公司、广东中食营科有限公司。
研究院拥有国家级中国工业微生物菌种保藏中心（CICC）、国家食品质量监督检验中心、全国食品发酵标准化中心、全国食品发酵工业科技情报信息中心、国际培训中心和发酵行业生产力促进中心等机构，并具有工程咨询资质、进出口业务代理资质。